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Le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche a publié récemment le guide du CIR 2022. Plusieurs nouveautés sont à noter par rapport au guide du CIR 2021. Les voici par ordre d’importance.

La constitution des dossiers d’agrément CIR

Des changements notables ont été apportés à la procédure relative à la constitution des dossiers d’agrément CIR, à commencer par la procédure de dépôt. Désormais, « la première demande d’agrément doit être déposée avant le 31 mars lorsqu’elle porte sur l’année en cours » au lieu du 15 mars. Par ailleurs, « les demandes de renouvellement doivent être déposées avant la fin de l’année d’expiration de l’agrément en cours » et non plus entre le 1er septembre et le 30 novembre de la dernière année accordée.

Ce changement s’explique par l’allongement du délai de traitement des dossiers de demande d’agrément recherche. Le délai moyen officiel est passé de 6 à 8 mois entre l’édition 2021 et 2022 du guide du CIR ! L’Association des Conseils en Innovation a d’ailleurs publié un communiqué de presse le 9 janvier 2023 pour dénoncer « des délais bien supérieurs, parfois dépassant une année ».

Pour faciliter les échanges avec le MESR dans le cadre de demandes particulières liées à l’agrément CIR, deux adresses mail ont été ajoutées au guide du CIR 2022 ainsi que des liens pour faire sa demande en ligne. Toutefois, la démarche en ligne de dépôt d’agrément CIR est indisponible depuis le 12 décembre 2022 et jusqu’à nouvel ordre. Il faut donc passer par l’envoi postal de clef USB et anticiper l’envoi de la demande.

Le guide du CIR 2022 apporte également plusieurs modifications aux consignes à respecter dans le plan de présentation du projet de R&D.

En cas d’abrogation de l’agrément, le guide du CIR insiste sur le fait que « c’est la date de contractualisation (date de signature du contrat) ou date équivalente qui doit être prise comme fait générateur de l’éligibilité de la facture de sous-traitance chez le donneur d’ordre ». Un encart sur les modalités de transfert d’un agrément entre sociétés a aussi été ajouté dans cette nouvelle édition. Toutes les informations relatives à l’agrément CIR sont contenues dans un autre document publié par le MESR : le Focus Agrément.

Les conditions d’éligibilité au Crédit d’Impôt Recherche

En ce qui concerne le Crédit d’Impôt Recherche, le guide du CIR 2022 a apporté deux changements majeurs. Le premier changement majeur porte sur l’application du CIR aux essais cliniques en pharmacie humaine et animale où :

  • La distinction entre les phases IV interventionnelles éligibles au CIR et les phases IV observationnelles non éligibles au CIR ont été introduites et détaillées,
  • Un tableau des fonctions éligibles selon le type d’essai clinique a été ajouté :
essais cliniques CIR
Source : Guide du CIR 2022 (page 12)

Le deuxième changement majeur fait suite à un arrêt de la cour administrative du 26 juin 2022 concluant que des opérations de sous-traitance en régie sont éligibles au CIR, ce qui n’était pas le cas jusqu’à présent.

L’autre nouveauté porte sur le rescrit CIR pour lequel il est désormais possible de compléter une demande refusée dans le cadre d’un second examen.

Par ailleurs, le guide du CIR 2022 ajoute une dernière étape au déroulement d’une opération de R&D éligible au CIR, consistant en « la valorisation et, le cas échéant, la communication de ces résultats ».

En complément, dans le cadre de la suppression du doublement de l’assiette du CIR des dépenses de sous-traitance publique, le guide du CIR 2022 a actualisé les dépenses éligibles en sous-traitance ainsi que la procédure d’agrément.

Introduction du Crédit d’impôt en faveur de la recherche collaborative (CICo)

Ce nouvel avantage fiscal, que l’on nomme aussi « Crédit d’impôt Collaboration de Recherche » ou CRC , a été mis en place dans le cadre de la Loi de Finances 2022. Le guide du CIR 2022 y consacre une nouvelle annexe qui reprend notamment les éléments communiqués dans le Code général des impôts et dans le décret du 15 juillet 2022 en ce qui concerne les modalités de l’agrément CICo.

Le guide du CIR 2022 ajoute néanmoins les modalités liées au rescrit CICo, à savoir :

  • « La demande doit être déposée au plus tard 6 mois avant la date limite de dépôt de la déclaration de CIR,
  • Lorsque l’opération est pluriannuelle, la demande doit intervenir au moins 6 mois avant le dépôt de la première déclaration de CIR relative à cette opération,
  • La demande de rescrit fiscal peut être adressée, soit à l’administration fiscale, soit directement au délégué régional académique à la recherche et à l’innovation (DRARI). La réponse de l’administration doit intervenir dans un délai de 3 mois, sinon l’avis est réputé favorable et opposable lors d’un contrôle ultérieur ».

Le guide du CIR 2022 nous apprend également que le Comité Consultatif pourra être sollicité en cas de désaccord sur les dépenses de recherche déclarées, au même titre que le CIR.