Le Conseil d’Etat a enfin levé le doute sur l’éligibilité au CIR de certaines dépenses de sous-traitance liées à un projet de R&D. La décision qui a été prise joue en faveur des bénéficiaires du crédit d’impôt recherche.
Il aura fallu qu’une structure entre en litige avec l’administration fiscale pour que le Conseil d’Etat clarifie la position de l’Etat sur l’éligibilité des dépenses de sous-traitance qui ne relèvent pas de la R&D isolément, mais qui sont nécessaires à la réalisation du projet de R&D.
Lorsque l’administration a remis en cause l’éligibilité au CIR de dépenses externalisées par la Fédération nationale des agriculteurs multiplicateurs de semences (FNAMS), celle-ci a tenté de s’y opposer mais a essuyé un refus du tribunal administratif de Paris puis de la cour administrative d’appel de Paris. La FNAM a ensuite saisi le Conseil d’Etat qui a conclu à l’éligibilité de ces dépenses de la manière suivante :
« Lorsqu’une entreprise confie à un organisme mentionné au d ou au d bis du II de l’article 244 quater B du code général des impôts l’exécution de prestations nécessaires à la réalisation d’opérations de recherche qu’elle mène, les dépenses correspondantes peuvent être prises en compte pour la détermination du montant de son crédit d’impôt quand bien même les prestations sous-traitées, prises isolément, ne constitueraient pas des opérations de recherche. »
D’une part, cette affirmation met enfin un terme aux incertitudes que faisaient planer l’administration sur les bénéficiaires du CIR. En effet, il arrivait jusqu’à présent que l’administration réfute ou non des dépenses de sous-traitance connexes aux projets de R&D en fonction des dossiers déposés. Ainsi, les dossiers de crédit d’impôt recherche seront désormais plus sécurisés.
D’autre part, cette affirmation permet d’intégrer davantage de dépenses dans le crédit d’impôt recherche des entreprises donneuses d’ordre. Dans le cas de la FNAM, les dépenses de sous-traitance consistaient en des « études analytiques et des tests permettant, notamment, d’étudier l’impact de nouvelles solutions de lutte contre les bio-agresseurs ou la dynamique d’absorption de l’azote pour une espèce donnée, faute de disposer elle-même des équipements scientifiques nécessaires, tels que des chambres de culture, des laboratoires de pathologie sécurisés, ou des outils de détection lui permettant d’effectuer elle-même ces opérations ».
Par conséquent, il est établi que les dépenses de sous-traitances sont à observer au regard du projet de recherche et développement dans sa globalité et non plus selon leur nature propre.